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产前诊断科是在厦门市妇幼保健院10年遗传实验室基础上发展起来的。现有人员23人，其中高级职称10人（博士1名、硕士8名及有多年妇产科临床工作经验人员），在妇科、产科、儿科、影像诊断、医学遗传学等学科均拥有丰富的经验，从事遗传咨询。影像诊断、生化免疫和细胞遗传等工作。
拥有全自动时间分辨免疫荧光分析仪（AutoDELFIA—1235）、蔡司全自动染色体分析系统及荧光显微镜、克普HP彩色多普勒，还配备了世界先进的二氧化碳培养箱，超低温冰箱和低温离心机等设备用于产前筛查和产前诊断。
目前开展了遗传咨询、外周血染色体核型分析、脐血染色体核型分析，在孕妇中进行先天愚型（又称唐氏综合征）和神经管畸形的产前筛查，在全省第二家开展对胎儿进行羊水染色体分析。正与美国波士顿大学医学院人类遗传中心进行技术合作。
