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药剂科始建于建院初期，在医院发展的历程中始终处于重要的地位。几十年来不仅承担医院的药品采购、供应和制剂生产任务，而且参与临床医疗、教学和科研工作。具有较强的医院药学专业性、药品监察管理职能性以及临床合理用药服务性的特点。因药剂科的几代人一直致力于自身建设，使得专业技术人员的素质大大提高，现有博士生1人，本科生7人。2004年门诊处方量506347张，药品销售总额7207．77万元。
2003年，通过门诊大楼的改造，中、西药房的外观焕然一新；设备全部更新，使整个药房工作流程整齐有序；尤其是开放式窗口的设置，拉近了药剂人员与患者之间的距离，便于沟通，便于开展药学服务。2005年，随着HIS系统的全面起用，致使药剂科的管理工作上了一个新台阶。
药剂科也由传统的药品保障供应型向以病人为中心的药学服务型转变，临床药师与医生一起参加查房并开展临床药学服务、药物不良反应监察，对病人及医护人员进行用药咨询，设计个体化给药方案，确保每一位病人的用药安全。学科带头人杨晓萍、仝俊太任徐州市药学会理事。
