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中医院外科采中西医结合之长，集临床、科研、教育于一体。下设有普外专业组、脑外专业组、胸外专业组、泌外专业组。现有病床40张，正主任医师2 人，副主任医师6人，研究生学历5人。省中西医结合外科专业、中医外科专业委员会常务委员各1人，省中西医结合泌尿专业副主任委员、中医男科专业委员会常务委员各1人，省中西医结合周围血管病专业委员会委员1人。
该科临床经验丰富，技术精湛，发扬中医特色、在传统中医疔、疮、痈、疽、流注、发背等疾病以及甲状腺、乳房疾病、脉管炎、泌尿系结石、男性病、前列腺疾病等领域的治疗方面有明显的优势和特色，能够开展肝、胆、脾、胰、胃、肠、甲状腺、乳房等甲、乙类手术，同时兼能开展脑外、胸外、泌外等手术，能够基本满足患者的就医需要。
作为南京中医药大学的教育基地，拥有正、副教授7人，承担着较重的理论教学和临床教学任务。
