医院儿科是福建省、厦门市中西医结合重点专科创建单位之一，集急诊抢救、慢病辨治、新生儿呵护为一体，科室技术力量雄厚，拥有医护人员25人，其中主任医师2人，副主任医师2人，中级医护人员6人，硕士2人，博士1人。科室年门诊量6万多人次。病房包括专科病房、普通病房、家化病房、新生儿病房和一日病房，床位数46张，年收住院病人3千多。儿科急诊每日24小时开诊，具备同等医院儿科急危重患的急救能力。
科室拥有心电监护仪、红外线辐射抢救台、新生儿黄疸测定仪、婴儿蓝光培养箱、婴儿高压氧舱、雾化吸入治疗仪、微波治疗仪、儿童呼吸机等医疗设备，并且具备螺旋CT、电子纤维胃镜和动态脑电图等先进的诊断技术。是目前省内中医院中，儿科科室功能最全、门诊量和床位数最多的科室之一。
儿科自制中药散剂20余种，同时采用中药敷贴、灌肠、雾化、熏洗、推拿、针刺10余种疗法治疗小儿常见病、多发病及脑性瘫痪等各种疑难危重杂病。其中中药散剂以简便、价廉、效高为特点，尤其自制中药颗粒治疗小儿咳喘病、腹泻病、肾病、新生儿黄疸等，现已取得了可观的疗效。
医疗特色：哮喘、呼吸专科门诊，应用中西医结合疗法，采用由世界卫生组织制定的、当今最安全、最有效的哮喘防治方案（GINA方案），结合我科根据长期临床实践总结出的寒哮方、热哮方及哮喘固本方防治小儿哮喘，疗效显著。对小儿呼吸道疾病，特别是长期反复咳嗽病儿的诊治，有良好的效果。小儿体质调理，主要针对小儿偏寒、偏热、气虚、寒热错杂的体质，进行个体化调整，对于预防小儿反复外感、扁桃体炎、哮喘、便秘等病症，均有较好的疗效。小儿厌食，主要针对小儿厌食症，进行中医中药调治、饮食心理行为卫生指导。外治疗法，主要对小儿常见病、多发病如外感、厌食、哮喘、泄泻、腹痛、慢性扁桃体炎等病症，进行推拿、药物外敷、外治、拔罐等外治法，免除小儿打针、吃药的痛苦。过敏性疾病，通过对六十余种过敏原的检测，应用中西医结合疗法，对哮喘、过敏性鼻炎及过敏性皮炎的治疗取得良好的效果。小儿佝偻病（“缺钙”），通过骨碱性磷酸酶的筛查，应用中西医结合疗法，并辅以饮食、小儿日常活动安排指导，对小儿佝偻病的防治取得显著效果。
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