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内窥镜室于1989年成立，2010年独立分科，属医院特色科室。现拥有日本奥利巴斯纤维支气管镜、日本奥利巴斯电子支气管镜、日本富士能电子胃镜、电子肠镜、日本奥利巴斯高频电灼、电凝仪等。2010年拟购进氩气刀或冷冻仪、内科胸腔镜，以满足广大病患需求。
科室有深厚的医疗技术力量：目前固定副主任医师1名，并由各临床科室主任医师、副主任医师10余名，每日轮流在内窥镜室进行操作及规范治疗。2008年6月28日疆内首家支气管镜检查人数突破10000例，目前年检查人数近2500例，总检查人数及年检人数均居全疆首位。科室除开展纤支镜、胃肠镜等常规检查外，并可进行肺结核空洞给药、止血、取异物及高频电刀对肿瘤、支气管内膜结核、胃肠息肉行点凝、电灼治疗、止血、全套切除，支气管狭窄球囊扩张等各类治疗。
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