脑血管病中心是在我院神经内科、神经外科、急救中心、放射科及康复医学科等相关学科经过多年的探索与试运作，在应用卒中单元(Stroke Unit)救治急性脑血管患者领域取得了显著成效的基础上，于2005年8月正式成立。该中心相关专业强强联合所组建的以“卒中单元”为核心的急性脑血管病诊疗中心。 中心不仅拥有快捷的“绿色通道”和临床经验丰富的神经内、外科，神经影像、介入及相关专业的专家，更有首都医科大学北京宣武医院、卫生部北京医院等国内脑血管病治疗的知名医院及专家的有力支持。中心依托 “卒中单元”、过硬的脑外科手术技术及MRI、CT、DSA、TCD、彩色超声仪和新近装备的带来第三次CT革命的双源CT等先进设备，对患者实行系统的检测手段。快捷的绿色通道、“卒中单元”、专业神经康复、中风患者的整体护理、脑血管造影检查及颅内血管支架安置术、中风早期的动静脉溶栓等先进治疗手段的实施，为急性脑血管病患者提供了快速、准确、有效的诊断和救治，最大程度地降低了急性脑血管病患者的死亡率与残疾率。 兰州军区乌鲁木齐总医院脑血管疾病诊疗中心目前已成为新疆地区规模最大、技术精湛的脑血管病诊疗机构。