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神经外科是以治疗颅脊髓神经系统引起的各种疾患的学科，拥有正高职称1人，中级职称5人，研究生2人。科室设固定床位30张。学科带头人李建华主任医师为中华医学会神经外科分会委员、新疆神经外科分会常委、兵团神经外科分会副主任委员，曾获兵团科技成果进步奖三项，主持兵团科技立项两项，参与国家“十一五”项目一项。科内拥有新疆最先进的立体定向系统、颅内压监护系统、中心监护系统、进口手术显微镜、射频治疗仪、术中脑电图等治疗和抢救设备，是一个集治疗、科研、教学为一体的科室。
该科利用立体定向技术开展的高血压脑出血治疗、脑瘫的神经核团毁损+神经干细胞移植、颅内肿瘤手术加内放疗、脑内病变的活检、帕金森病、疼痛、癫痫病等在疆内处于领先地位。现利用机器人导航开展的颅内各种手术，如胶质瘤、脑膜瘤、听神经瘤、垂体瘤等创伤更小、更精确。在治疗三叉神经痛、面肌痉挛、舌咽神经痛及椎管肿瘤方面在新疆也处于先进水平。
目前该科与北京海军总医院、北京天坛医院、山东医科大附属医院等建立了牢固的协作关系，并有专家长期坐诊。
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