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南京军区南京总医院内镜中心于2007年4月份正式营运，由原消化内镜室、普通外科内镜室、呼吸内科纤维支气管镜室和泌尿外科膀胱镜室整合而成。
位于新门诊大楼八楼东侧，共拥有9间普通镜检室，1间VIP镜检室，一间麻醉后复苏室和专门的清洗间与镜库。依照国家《内镜清洗消毒技术操作规范》的要求建设，配备氧气﹑负压吸引器﹑心电监护仪﹑气管插管用具及必要的急救药品，以保证患者在检查前、中、后的安全。使用全程智能化数据记录及管理系统，有先进的多媒体教学系统，融检查，示教，学习于一体。主要提供胃镜﹑结肠镜﹑小肠镜﹑胆道镜、內镜下逆行胰胆管造影（ERCP）、纤支镜﹑膀胱镜﹑输尿管镜等诊疗服务。还可以根据患者的要求，结合患者本人的实际情况，内镜中心可以提供各种形式的无痛检查业务。
服务宗旨：以人为本﹑科技争先﹑质量一流﹑服务至上。
