早在40年代我院就已开展病理工作，1946年11月病理学专家吴在东教授来我院主持病理工作，成立了病理室直至1953年。1953年正式成立病理科，是当时国内医院中最早成立的病理科之一，是华东军区所属的医院中唯一的病理科。除承担本院工作外，还承担军区内各医院及南京地区医院的病理检查诊断工作。经过50年的发展和建设，目前我科已发展成为国内同类医院中规模最大，专业水平较高，同时开展医教研全面工作的病理专业科室。2005年首批成为全军临床病理中心。

    “中心”现有工作人员26人，其中博士3人、硕士6人，主任医师4名、副主任医师/技师10名。担任中华病理学会委员，中国电镜学会常委及医学电镜专业组组长，全军医学科委会委员，全军病理专业委员会副主任委员，全军诊断病理专业组组长，江苏省病理学会主任委员，南京病理学会主任委员，《中华病理学杂志》编委，《临床与实验病理学杂志》副主编等。科室现有高分辩透射电镜，进口超薄切片机，多功能电视显微镜，真彩色图像分析仪，原位PCR仪，FISH工作站，免疫组化全自动染色机等设备。

    本科除负责全院的常规病理诊断，还解决本市及外地来我院会诊的疑难病理切片的诊断，目前我科已进行30万例外科病理诊断，26万例细胞学检查，2875多例尸检，28937例电镜检查。目前年外检标本24000例，会诊3000例,细胞学标本30000例，电镜检查1000例。