北京大学第一医院输血科成立于1985年，其前身为检验科血库。1985年，为适应当时我院临床医疗用血日益不断增长的需要，并根据学科发展特点成立输血科，成为中国最早建立的输血科，第一任主任是丛玉隆。
输血科成立之初仅有6名工作人员，科室面积不足100平米，设施简单，设备陈旧，科室综合价值不足万元，配发血、储血、化验多项工作居于一室，仅能提供简单的采供血服务。受当时国内医疗发展水平限制，采血时使用的是经高压蒸汽灭菌处理的胶皮管和玻璃瓶并且反复使用，使用本院药剂科自制抗凝剂进行抗凝，对采集血液仅进行乙肝表面抗原检测（血凝法）。
在输血科副主任柴庆波的带领下，全科上下经过近30年不懈的努力，科室建设取得了长足的发展。现有科室面积近400平米，房间布局合理，功能划分明确，科室业务日臻完善。采用具有国家统一批准文号的一次性血袋进行采血，血液检测也逐步发展为包括乙肝表面抗原、丙型肝炎抗体、HIV病毒抗体等的13项检测项目，有效地遏制了经血传播疾病的发生，到2007年我院采血工作结束从未发生一起因在我院输血而引起的诉讼纠纷。输血科血型血清学实验室从建科之初的手工盐水介质配血到今天发展为可以利用全自动血型分析仪解决多种疑难输血问题，结合我院医疗工作特点开展了夫妇抗体筛查、新生儿溶血筛查等一系列科室特色检验项目。科研工作从无到有已陆续在各类专业期刊发表科研论文40余篇。自91年起，输血科已连续18年被评为北京市临床用血先进单位。2008被卫生部临检中心选定为输血质量控制评价实验室，参与对全国临床输血室间质控品的审核与评价工作，经北京市卫生局公开评选成为北京市临床输血教学基地，承担着为北京市培养输血专门人才的教学工作。
自改革开放以来的三十年间，北大医院输血科的发展日新月异从人员构成、专业设置、设施建设、仪器装备、技术力量、学科发展方向等方面均已达到国内领先水平，成为中国输血医学发展的中坚力量。
