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是医院重点学科，现有住院病床49张，医护人员19人，其中高年资主治医师3名，低年资主治医师2名，住院医师2名，医院于2008年初购置了60W美国科医人钬激光碎石机、瑞士EMS弹道碎石机、德国雪刀牌及狼牌输尿管镜及肾镜、英国佳乐等离子湿化电切仪、沈大牌灌注泵等完善配套的国内外先进微创手术设备及电视摄像监视设备。是泌尿外科顺利开展了经皮肾镜技术及输尿管镜技术治疗泌尿系结石，加上体外震波碎石治疗技术，基本上避免了传统开放切开取石术；并开展了等离子前列腺增大电切术或剔除术、腹腔镜下肾囊肿云结术等微创技术，使医院的泌尿外科走在全市前列，由张宝峰主任主持开展的《膀胱镜下D-J管逆插治疗顽固性肾绞痛》课题于2009年9月4日通过了赣州市科技局科研鉴定，专家认为该项目达到市内领先水平。
