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该中心开展肾移植、肝移植、心移植、肺移植、肝肾联合移植、胰肾联合移植、骨髓移植、外周血干细胞移植、脐血干细胞移植、人胎胰岛细胞移植、成人胰岛细胞移植、肾-成人胰岛细胞联合移植，异体指移植、角膜移植等，是市内开展移植种类、数量最多，质量最好的医院，其中肾移植是国内最早开展的医院之一，其组织配型采用抗体筛选和氨基酸残基配型达到国际水平并获国家科技进步二等奖。肝移植自2001年1月始，至今600多例，创1例国内首例（门静脉、肠道引流式胰肾联合移植术），4例市内首例（减体积经典原位肝移植、肝肾联合移植、肠道引流式胰肾联合移植、急症肝移植），上海市肝移植质量控制中心挂靠市一医院。肝移植获2006年上海市科学技术一等奖。血液科造血干细胞移植170余例。心外科病人唐益是目前上海市心脏移植存活时间最长的患者，成人胰岛细胞移植为亚洲第一例，上海交通大学器官移植研究所也设在市一医院。
