医院于1997年开始建设医院信息网络系统，经过“九五”和“十五”期间的建设和发展，医院信息系统已经成为医院医疗和管理业务的工作平台。医院信息化建设在提升医院的技术和服务水平上起到无可替代的作用，极大促进了医院现代化建设的发展。

    医院信息系统2001年通过总部验收，同年被评为“全军‘九五’信息化建设先进单位”，2003年被总部评为“全军卫生信息化技术基地”，2004年被广东省卫生厅评为“广东省卫生信息化示范单位”，2006年被评为“全军‘十五’信息化建设先进单位”。医院自主开发的“电子病历系统”获2005年全军科技进步一等奖。
信息中心下设计算机中心、病案统计中心、远程会诊中心和图书馆。具有较强的医院信息技术研究、开发和应用能力。1997年以来先后获得国家科技进步奖2项、军队和广东省科技进步奖11项，主持全军卫生信息科研课题3项、广东省科研课题3项。

    随着HIS的广泛和深入应用，对以病人为中心的临床信息系统的需求逐渐凸显。2002年以来，医院在应用“军字一号”HIS系统的基础上，先后研发和引进了电子病历系统、医学影像（PACS）、彩色条形码LIS、麻醉监护、重症监护、心电信息和高压氧治疗等CIS子系统，建立起以电子病历为中心的整体CIS。目前在运行的医院HIS共有HIMS和CIS子系统60多个，基本覆盖了医院的医疗管理和诊疗业务范围。