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空军总医院胸外科是伴随空军总医院医院1956年的建立而成立的，迄今已有50多年历史，是北京市最早成立胸外科专业之一。早在1958年秦文瀚主任医师从吴英恺教授学习两年后开始从事胸外科工作，历经解士胜主任、臧德安主任、隗和敏主任、万世杰主任等著名的胸外科专家，为胸外科的发展奠定了雄厚的技术基础。经过50多年的发展，空军总医院胸外科已发展成为集医疗、教学、科研、保健为一体的医院重点科室之一。
目前我院胸外科技术力量雄厚，技术精湛，在肺癌、食管癌、纵隔肿瘤及气管疾病的手术及综合治疗方面处于国内先进水平。特别是近几年来广泛开展以胸腔镜及小切口为代表的微创手术，已占全科手术的98%以上。与传统胸外科手术相比，微创手术创伤小、恢复快。在自发性气胸、肺大疱切除、多汗症交感神经链切断、纵隔肿瘤切除、肺叶或全肺切除、食管癌切除、纵隔淋巴结切除及各种活检手术等，取得了较好的效果。
现展开床位25张，平均每年完成各类胸外科手术300余台。目前有主任医师3名，副主任医师6名，其中博士2名，硕士2名，现代化的医疗设备先进齐全。
