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本院药剂科分设门急诊配方部、中药配方部、制剂室、煎药室等多个部门，门急诊配方部每天24小时提供1400多种西药和中成药，中药配方部则供应600多种中药饮片。
药剂科内所有的中、西药品(包括中草药)全部使用了计算机网络化管理，对药品的批号、有效期等进行追踪管理，同时也可提供药物品种、药价等咨询服务。
煎药室采用韩国中草药煎煮机，提供代煎服务。整个煎药、装药实行全封闭操作，生产过程的火温、时间、药液抽取、灌装等都实行标准控制。
1992年以来，药剂科曾多次获得"文明规范服务示范窗口"、"上海市文明窗口"、"市医院先进药剂科"等称号，并获得了上海市卫生局颁发"放心药房"铜牌。
