儿科是医院主要的临床科室之一，分为门诊、急诊、住院三部分。门诊设有普通门诊和专家门诊，病房设有儿科普通病房和新生儿科病房，门诊人次及住院人次均居全市的首位。现为重庆医科大学附属儿童医院的指导医院，是云南大理医学院和攀枝花大学医学院的实习基地，也是乡村卫生院医护人员培训、进修基地。2001年度被评为“市级青年文明号”示范科室，至今一直保持这个光荣称号。
儿科现有床位52张，医护人员41名，其中主任医师1名，副主任医师4名，主治医师4名，有全市著名儿科专家2名，市级儿科学科带头人后备人选1人，对急、重、疑难病的抢救和诊治积累了丰富的经验。新生儿病房编制床位15张，设有新生儿重症监护室、新生儿普通病房、新生儿隔离病房；儿科普通病房编制床位37张，设有重症监护室，备有先进的病员呼叫系统、集中供氧供气压吸引设备、多参数心电监护仪、进口输液泵、电脑中频药物导入治疗仪等先进医疗设备。开展了静脉留置针等技术，大大减少了儿童和家长的痛苦。儿科有多篇论文在全国杂志上发表及学术会上交流，每年均有科研课题申报。儿科注重人才培养，每年派出医护人员到国内知名医院进修学习，目前再读研究生两名。现在儿科在广大市民中赢得了较高声誉。