东台市中医院肛肠科成立于1961年，是该院最早成立的有较大影响的特色专科之一，是全市唯一的专业治疗肛肠科疾病的临床专业科室、肛肠疾病诊疗中心和医、教、研中心。拥有肛肠治疗仪、纤维乙状结肠镜、MD—2000F型电脑熏洗治疗椅等检查、治疗设备。
该科擅长应用中医药疗法为主治疗功能性便秘、慢性溃疡性结肠炎、肛瘘术后厌食症等疑难病。常规开展的手术有：内痔、外痔、混合痔、各期肛裂、高低位肛瘘、肛周脓肿、肛乳头纤维瘤、低位直肠息肉、肛管直肠狭窄、肛窦炎、肛周尖锐湿疣、肛旁皮下良性肿瘤等。其中环状混合痔分段齿形结扎术、高位复杂性肛瘘切开挂线开窗对口引流术、一次性根治肛门直肠周围高位脓肿等手术在本地区处于领先水平。
