庐江县医院内镜科拥有目前国际最先进的日本olympus内镜诊疗设备，是一家集内镜诊断、治疗和教学为一体的科室。
内镜科现有电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜、电子十二指肠镜近十条，主机三套，有用于内镜治疗的高频电切仪及碳14呼气试验机等治疗检查设备，承担着全县及周边临县的内镜检查治疗和教学工作，每年有近两万例的内镜检查和治疗。现开展的内镜下治疗项目主要有：消化道异物取出术、内镜下胃肠道息肉电切术、急性消化道出血内镜下止血、内镜下鼻胆管引流管置入术、逆行性胰胆管造影术（ERCP）等。2005年开展ERCP的曾荣获院三新项目一等奖。科室不断派遣医生去省内外三甲医院进修学习，进一步增强了科室的临床经验，提高了整体水平。
