医院重点学科之一。是广东三九脑科医院规范化建设、管理的示范学科。
    学科人才梯队完整、整体专业技术力量较为雄厚，承担医院诊疗所有神经内科疾病的任务，展开床位70张。医疗系列共有正高职称2人，副高职称2人，中级职称3，初级职称3人。硕士及以上学历人员4人。科室秉承“治好一名病人，多了一位朋友”的理念，对病人认真负责，以高尚的医德医风设身处地为病人着想，合理检查，合理用药，使病人以最少的花费达到最好的治疗效果，深受患者信赖。
专科特色：
1．卒中单元：
学科与国际、国内治疗脑血管病最新学术理念和技术同步，学科带头人陈文明副院长及专家团队运用我院先进的磁共振、CT、DSA及各种诊疗设备，建立有规范化、系统化的脑血管病急救、中西医结合、康复（传统及现代康复、语言训练、吞咽训练等）治疗、心理治疗和社区随访及健康教育一体化的脑卒中单元。脑血管病的综合治疗效果在同行业中处领先地位，受到广大患者的肯定。
2．头痛诊疗中心：
由中国中医药脑科学会学术顾问和广东省中医药脑科学术顾问，原广东省中医药脑科学会常委、副主委战胜才教授带领的团队，专长于各种难治性头痛、眩晕。采用头痛的阶梯治疗及“十种组合拳”综合治疗方法，为广大难治性头痛的患者解除了病痛。
3．神经系统变性疾病：
在全国帕金森病研究组新锐成员卢健军主治医师带领下，诊治了大量的重症、疑难的神经系统变性疾病及遗传性疾病如帕金森病、舞蹈病、多系统萎缩、各种肌病及神经肌肉接头疾病、中毒性脑等病人。
4．中枢神经系统感染性疾病： 
陈文明副院长为主，李志刚医师等组成的中枢神经系统感染性疾病团队，每年收治大量的中枢神经系统感染性疾病，主要有病毒性脑炎、隐球菌性脑膜炎、结核性脑膜炎、化脓性脑膜炎及各种中枢神经系统寄生虫感染及其后遗症患者。确诊率及抢救成功率高，治疗效果好。
5．干细胞治疗中心：
许多神经系统疾病尚无特别有效的办法，如脑性瘫痪、脑发育不良、重症脑血管病、运动神经元病、海络因脑病等。神经内科开展了自体骨髓干细胞移植治疗多种神经系统疾病，为许多患者带来的意想不到