功能神经外科（简称外二科）是医院重点建设科室之一。
   
    全国著名立体定向及功能神经外科学者成良正教授全程参与学科建设和临床诊疗工作。国内著名功能神经外科专家李龄、谭启富教授等都在医院不同的发展时期，直接参与和指导技术工作，奠定了学科坚实的工作基础和实力。
   
    目前，学科在朱丹副院长领导下，主要从事以手术为特色的癫痫综合诊疗，以及帕金森病、扭转痉挛、意向性震颤等运动障碍性疾病的治疗；精神心理疾病的立体定向治疗；毒瘾戒断及恶痛的立体定向治疗；颅内病灶的立体定向活检；颅内占位性病变的立体定向等体积切除；自发性脑内出血的立体定向治疗；囊性颅咽管瘤、蛛网膜囊肿及梗阻性脑积水等的神经内窥镜治疗。
   
    学科拥有高级技术职称专家3人，中级职称5人，技术力量较强。近年来共完成癫痫手术1000多例、运动障碍性疾病手术1500余例；精神心理疾病、毒瘾戒断及恶痛的立体定向治疗500余例；颅内病灶的立体定向活检和颅内占位性病变的立体定向等体积切除500余例；自发性脑内出血的立体定向治疗300余例；囊性颅咽管瘤、蛛网膜囊肿及梗阻性脑积水等的神经内窥镜治200余例。手术效果得到国内外同行好评，深得患者信任。各类手术治疗费用比省内大型综合医院低四分之一左右。
   
    承担广东省卫生厅的科研项目《脑磁图的临床应用研究》、《毒品戒断的临床研究》均已获得阶段性成果。