广州空军医院神经外科是医院的重点科室，也是空军卫生系统的特色专科，2002年评为全空军神经外科中心，科室设置病床40张，病房按星级宾馆建置，设置重症监护病房（ICU）设备齐全先进， 有医护人员36名，科室除收治普通神经外科病：脑肿瘤、 脑外伤、脑血管意外，尤其擅长对癫痫病、帕金森氏病、 精神病、大脑发育不全等功能性疾病外科治疗，早在80年代中期神经外 科就开展了外科治疗上述功能性疾病，治疗了一大批病人，取得了很好的临床效果，积累了丰富的临床经验。

    97年以来，广州空军医院重点支持神经外科专业发展， 耗巨额资金先后引进具有九十年代国际先进水平高科技医疗设备：癫痫刀、细胞刀、精神病手术专用仪器等。这些高级医疗设备目前国内还是少有。广州空军医院神经外科在手术治疗癫痫病、帕金森氏病、精神病及大脑发育不全等方面，现在可以说如虎添翼。到目前为止，采用癫痫刀治疗500多例癫痫患者，用细胞刀治疗帕金森氏病患者2600例，用精神病手术仪器治疗精神病1600余例及大脑发育不全患者86例。治疗效果较前更好，不少患者不仅症状消失，而且部分患者还恢复正常生活及工作。在治疗精神病方面成立了以神经外科医生为主，由精神科医生、心理医生、脑生物电医生、神经内科医生组成协作班子。

    现求医患者来自全国各地及港澳台和东南亚国家华侨，广州空军医院神经外科对癫痫病、帕金森氏病、精神病及大脑发育不全这些医学疑难顽症，应用国际先进医疗设备进行外科手术治疗取得非常好的效果，受到各方面的肯定，并分别获得多项全军科技进步奖，专业论文多次在全军、全国及世界性医学专业会议上作为大会经验交流九年来，广州空军医院神经外科已接收来自上海、南京、福建、成都、昆明等地大医院进修医生15名，同时为军队及省、市举办功能神经外科专业培训班三次，培养了一批功能神经外科专业人才。