实验医学科临床微生物实验室始建于20世纪50年代，前身为华西医科大学附属第一医院检验科细菌室。1988年开设华西医科大学检验医学临床微生物学课程。随着本校检验医学毕业生走向全国并得到北京协和医院等同道的认可，本学科与其他学科同步发展，进而培养了三位硕士研究生，人才梯队得以建立。2002年成为检验医学系中一门学科，2003年临床二级学科的临床检验诊断学成为博士研究生培养点，作为其中三级学科的临床微生物学成为正式的博士研究生培养学科，迎来了前所未有的机遇与挑战，正逐步成为集自动化、网络化、医、教、研一体的综合性实验室。
 
    目前有教职工18人，主要进行临床标本检测、临床微生物教学及科研工作。现有高级职称3人，中级职称14人（大专以上占90％），初级职称2人，博士1人、硕士4人。国内核心期刊《中国抗感染化疗杂志》编委1人、《中国抗生素杂志》常务编委1人、《中国临床药理学杂志》编委1人，四川省医院感染专家组成员1人，中华医学会临床检验分会临床微生物专业委员会委员1人，美国微生物学会成员1人。开展了病原菌学、病原血清学与病原核酸学检测工作，肩负五年制、4年制、大专班及成人夜校的教学工作，兼作病原学临床相关科研课题及CMB实验室认证（CAP）课题。

    实验室现有Bact/Alert240血培养仪 Bact/MBl20结核分析仪，Walk-Away 40型细菌鉴定与药敏检测仪、Phonix 100 细菌鉴定仪、Cycler PCR定量分析仪、i2000血清学定量检测仪等自动化仪器，具有二级生物安全设施，开展各类标本的细菌和真菌培养鉴定及药敏试验；甲、乙、丙、丁、戊、庚肝抗体，艾滋，梅毒，衣原体，支原体等的ELISA和PCR测定。平均每天检测院内外标本500-700余份。

    自1988年至今，已完成18届本、专科生600余人的临床微生物教学和近500余进修生的培养工作：先后有13人次到国外或境外参观学习，发表研究论文数十篇；参编教材和书籍15部；先后参加了亚太地区抗生素耐药监测网、全国抗生素耐药监测网等大型协作科研6项，与中医科、眼科、呼吸科、ICU等十余科室进行科研合作：本室人员负责课题经费20余万元。进行中的 “CAP临床试验室认可”项目，在实验室管理、实验室标准化、自动化、网络化、安全化、质量控制、加强临床联系、人才梯队建设(招收微生物基础与临床方向研究生)等诸多方面将会得到全面的提升需要做大量的工作和艰苦地努力；到2005年通过CAP认证，临床微生物室捋更加紧密地与临床结合，成为西南地区的参考实验室。我们的目标是：国内领先、世界一流。