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在华西医院和实验医学科领导的关怀和努力下，实验医学科临床分子诊断实验室的筹备工作已经基本完成，并计划于2005年一月份正式启动。实验医学科临床分子诊断实验室是以已经获得卫生部PCR实验室认证资格的临床微生物分子诊断实验室为基础，同时综合了遗传室、移植配型室和血液实验室的一个临床分子诊断综合实验室。
新的临床分子诊断实验室将集临床、教学和科研于一体。临床上将涉及多个领域的临床分子诊断，包括病原微生物、移植配型、遗传病、血液病和肿瘤等分子水平诊断，其内容包括有乙肝病毒DNA定量检测、梅毒螺旋体DNA荧光定性、人HLA基因分型、血液病基因分析等。教学上将成立医学检验专业《临床分子诊断》的教学组，承担其全部教学任务，主要向临床医学学生介绍临床分子诊断的一些实验原理、方法和临床应用。科研上将有效利用本实验室的资源，为实验医学科研究生和其他科研工作人员提供分子生物学实验平台，提高实验医学科的科研水平。
新的临床分子诊断实验室的近期目标是建立一个西南地区最大、可开展项目最多、实力最雄厚的临床分子诊断实验室。
