药学部是集药品供应管理、临床药学服务、教学与科研为一体的技术职能部门，负责全院有关药品供应保障、药学研究和药事管理的相关工作，开展药物不良反应监测、临床合理用药监控、药代动力学研究、新药开发与评价、临床制剂研发等。2005年3月我院被正式批准为国家药物临床试验机构，接受多项临床新药研究。设有门诊药房、急诊药房、住院药房、中药房、糖尿病专科药房、中心摆药室、药品库房、普通制剂室、中药制剂室、药检室、信息资料室、药学实验室、临床药理研究室等多个分支部门。近年来，在科研基金申请、科研项目、新药评价、制剂研发等方面均有快速的发展。目前已申请国家基金项目3项；军队基金项目3项；医院科研基金项目5项。自2000年来发表研究论文百十余篇，其中大部分刊登在《药学学报》、《中国药学杂志》、《中草药》、《解放军药学学报》和《中国海洋药物杂志》等国家级核心期刊上，被SCI收载的论文有15篇；2002年恢复发行了面向临床科室和总装基层单位的《药物通讯》杂志。吴久鸿主任主持的研究课题曾获得中华中医药学会科学技术一等奖1项；谭生健主任药师主持的研究课题曾获得全军医疗成果三等奖1项。
门诊、急诊药房采用现代化科学管理手段，实现了医生工作站、收费、取药的信息自动化传递，启用了新的预发药程序系统，极大地方便了患者取药，缩短了患者取药的时间。
制剂室2001年通过了总后卫生部的GMP标准认证，生产车间为全区域净化厂房，装备有大型中药多功能提取罐、喷雾干燥制粒机、自动胶囊填充机、真空干燥箱等先进制药设备，并建有中药现代化研究实验室，拥有生产和开发颗粒剂、胶囊剂、片剂、口服液、丸剂、散剂、外用膏剂的能力，承担着制剂的生产和新产品研发任务，逐步形成了以现代中药研发为特色的现代化制剂室，可开展中药新药临床前的基础化学成分研究、制剂学研究、工艺研究、新药中试、质量标准研究、新药稳定性研究等科研工作。
药学研究室可进行天然药化、药物合成、药理学等学科的实验研究，获得数个新药证书和军队特需药品新药证书。近年来，在基金申请、成果报奖和科研论文等多方面进展迅速，硕果累累。
现有文职干部、相关药学、护理技术人员、职工共57人，其中主任药师2人，副主任药师5人，主管药师15人，主管护士4人，初级职称人员16人；博士导师1人。具有本科学历以上人员18人，其中博士生2人，硕士生2人，在读硕士研究生3人。
