医学工程器材科担负全院医疗设备和各种医疗设备、消耗器材的供应、管理、维修和计量工作，现有军人14人，职工4人，合同制护士14人。主要划分为三大职能部门，分别是医疗设备维修室，器材供应管理室，耗材消毒供应室。设备维修室主要负责全院医疗设备的计划、论证、验收、管理，维修和维护保养以及报废。设有全军医学仪器三级计量站，负责每年对全院四类几百件计量强检仪器的计量工作。设有全军医疗设备维修三级站，担负福建地区各部队、干体所医疗设备的维修任务。维修室现有维修人员16人，其中硕士2人、大学本科毕业7人、大专7人，技术人员中有高级工程师4人，工程师7人。维修室担负全院1.5亿设备的维修，特别擅长影像学大型设备（X光机、CT、加速器、CR、激光像机等）的安装、调试和维修，不仅能进行小修，项修、大修及各种元件替换，也能修复各种仪器的集成电路板（缺图纸的情况下），还能完成一些设备的技术改造，革新、科研工作。器材供应管理负责全院各种消耗性器材的计划、采购、供应和耗材仓库的管理，负责报废器材仓库的管理。谬论室应用"军卫一号"处理各种耗材数据和统计信息，保证医院医疗、教学和科研的耗材需求。其所属的设备档案室负责本院各类设备的档案建立。设备档案中记录了设备的规格、型号、配置、重大维修情况、价格、技术手册、使用手册等信息，并使用"军卫一号"的相关模块进行管理。消毒供应室建设投资360万。装备有日本樱花超声消洗机、日本樱花全电脑压力灭菌锅、水净化设备和百级层流无菌消毒物品室，配有14名护士，负责对各种供应品进行常规消毒检测，负责提供临床各科室所需的消耗性器材，保证临床科室的需求。供应室管理实现电算化。