天津市儿童医院微创外科是应用腹腔镜及结肠镜技术进行外科诊断和治疗的新兴学科，具有手术创伤小、术后并发症少、术野暴露清晰、定位准确等优点。
    天津市儿童医院微创外科建于 1999 年末，在全国儿童医院中建科最早，配有先进的腹腔镜及结肠镜等，可以在保证精确诊断及治疗的基础上，将手术创伤减低到最小程度，应用纤维消化内镜对原因不明的腹痛、呕吐、便血予以诊断，同时进行止血，扩张食管狭窄，食管静脉曲张套扎，息肉切除及异物取出的治疗，应用腹腔镜完成脾切除、肾上腺切除、重复肾及输尿管切除、胆囊切除、各种阑尾炎的阑尾切除、先天性巨结肠根治、幽门环肌切开、腹部肿瘤切除、美克尔憩室切除、卵巢囊肿切除、隐睾手术、消化道穿孔修补术、疝修补术。用于慢性腹痛原因的诊断，先天性疾患的诊查和病理活检以及其它消化道疾病的诊断治疗。
    天津市儿童医院新生儿外科是我市唯一治疗新生儿外科疾病的专业科室，其诊治水平为国内领先。 专业范围包括：各种先天性畸形的矫治、肿瘤、感染及新生儿产伤的治疗、 对治疗先天性消化道畸形， 如先天性巨结肠、肠闭锁、肠旋转不良、、肥厚性幽门狭窄、肛门直肠畸形等病的矫治达到了99 %的成功率。在复杂性食道闭锁，膈疝等治疗上，通过手术、辅助呼吸、静脉营养等系列措施，救治成功率居国内领先水平。尤其对各种原因所致的新生儿便秘，新生儿血管瘤的诊治有独到之处，引进先进的诊疗技术，提高新生儿期先天性巨结肠的诊断率，采用经肛门巨结肠根治术，手术创伤小，术后恢复快，减少了并发症的发生。近年来采用腹腔镜等微创技术治疗新生儿外科疾病，疗效满意。