药剂科是集药品供应管理、制剂生产、药品质量监控、科研和教学于一体的综合性药学技术服务部门，下设门急诊药房、住院药房、浦东分院药房、宝庆路分部药房、制剂室、药品检验室、药库等部门。负责组织实施包括药品的调剂，制剂和药品采购供应及药品质量控制等药事管理工作。科室有完善的工作制度，并拥有与工作、科研相适应的各种先进设备。包括紫外可见分光光度计、电子分析天平、数字式自动旋光仪、PH计、高效液相色谱仪、多效蒸馏水器等。现有人员35人，其中副主任药师3人，主管药师5人，其它各级药学技术人员27人。2006年调配门急诊处方共计109万余张，平均每天可达3000张左右。

    2003年制剂室改建，2006年1月1日取得新的《医疗机构制剂许可证》，有效期五年。制剂室包含灭菌制剂、普通制剂和药检、菌检几个部分。经批准配制的品种数42种，剂型为滴眼剂、洗眼剂、滴耳剂、滴鼻剂、甘油剂、溶液剂（外用）、涂剂、喷喉液等。制剂室严格按配制规程和标准操作规程生产，药品检验室把好医院制剂质量关，及时为临床提供安全、有效的医院特色制剂。

    临床药学工作刚起步，负责药品不良反应的收集上报，开展药物咨询服务，为患者和临床医生提供药物信息和合理用药指导，定期开展处方评价工作。