中心药库分为大输液储备区和药品储备区，药品储备区又分为西药、中成药、中草药三部分，共占地500多平米。承担全院900张床位，30多个科室，年均上百万门诊人次的药品供应工作。现有西药1200种，中成药300种，小包装中药饮片1360个品规。
中心药库的主要工作就是药品的采购、药品的验收、药品的贮存、养护和药品的配送。药库通过对医院药品的计算机网络的维护、北京市医疗保险网药品的计算机维护、海淀区医疗保险网药品的计算机维护来保证全院正确贯彻执行国家各项药品政策。其中涉及到卫生部的药品通用名政策、发改委的药品物价政策、劳动社会保障部的药品医疗保险政策，北京市药品集中招标采购政策。另外还包括医院药品财务管理、药品的各种质量信息。负责接收各科临时进药和新药进药申请、负责整理医院招标采购使用药品目录，整理药品各方面信息，为药事会评审做前期准备工作。
多年来中心药库为全国医药信息网、卫生部医院管理协会、中国药学会完成药品信息统计工作。为市药监局品机械管理网站做毒、麻、精神药品、生物制剂药品数据上传工作，为卫生局药品监督所做毒、麻、精神药品使用情况上传工作。为我院做药品使用情况统计表。
中心药库严格遵循《药品管理法》及相关法律、法规、规范，建立健全药品质量管理制度，为患者及医务人员提供全方位的药学服务，保证患者用药安全、有效、经济；在药品采购、入库验收、保管及调剂使用等各个环节，严把质量关；药品种类齐全，特殊用药做到急用急调；坚决执行国家药品价格政策，努力做到让利于患者，让患者放心、信得过。
