外科为肿瘤医院的重点科室，设有床位50张，拥有主任医师1名、副主任医师2名、主治医师2名、住院医师3名。该科与山东省肿瘤医院、济宁市第一人民医院外科结为兄弟科室，定期进行学术交流，人才培养。确立了科室发展有重点、专业有特长、人人有专长的发展目标，科内现分胸外、普外、泌尿外及介入4个专业组。

    胸外专业：开展胸外科常规手术如：食管癌切除、肺叶切除、肺段切除纵隔肿瘤切除、贲门失驰症等手术。其中食道癌手术已连续150例无吻合漏发生。手术规范，安全性高。

    普外专业：开展胃癌、肠癌、乳腺癌、甲状腺良恶性肿瘤、颈淋巴结清扫、肝癌及大隐静脉、疝气等良性疾病的手术治疗。其中乳腺外科能熟练进行乳癌扩大根治、根治、改良根治、全腋窝淋巴结清扫，近几年来，致力研究保乳手术、乳房成形。

    泌尿外专业：肾癌、膀胱癌、输尿管癌及隐睾鞘膜积液、泌尿系结石等疾病的手术治疗。

    介入组：介入治疗是近年来新兴的一种肿瘤治疗方法，它以微创、高效、低毒为特点，目前能熟练进行原发性、转移性肝癌、肺癌，胰腺癌、腹膜后转移癌、妇科肿瘤、骨肿瘤等肿瘤的介入治疗。