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内镜室始建于1983年11月，现有医护人员5人，其中主治医师1人。拥有日本进口富士能电子胃镜、电子肠镜、ERBE高频电刀、幽门螺杆菌测试仪等先进设备。被列为浙江省消化病学术中心科研协作单位。
富士能电子胃、肠镜在直视下对食管炎、胃炎、食管癌、胃癌、胃溃疡、十二指肠球部溃疡、结肠疾病作出诊断，能迅速准确检测幽门螺旋杆菌（HP）。
内镜室还成功开展了食管癌术后吻合口狭窄扩张术、金属支架置入术、贲门失驰缓症扩张术、镜下钛夹和直接喷洒药物止血、取异物术、胃肠道息肉切除术及无痛胃、肠镜检查项目；能直接活检，对炎症、癌分化程度进行分级，为制订治疗方案或判断治疗效果提供可靠依据。
该科对胃肠道常见多发病的诊治和开展的镜下治疗技术在浙南闽北边际区域享有较高学术地位，毗邻松溪、政和等市县患者应诊络绎不绝。
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