科室设置6个专业实验室：微生物学实验室，分子生物学（PCR）实验室，免疫学实验室，生物化学实验室，血液学实验室及血库，体液常规检验室。
 
   仪器配置: Sysmex KX-21血球计数仪，US-200尿液干化学分析仪，Sysmex CA-500全自动血凝分析仪，LBY-N6A自清洗旋转式黏度计，PLS-F200A流式微量血浆黏度计，Microscan auto SCAN4微生物鉴定/药敏分析仪，BIORAD MODEL550酶标仪，BIORAD MODEL1575洗板机，SP-4430干式生化分析仪，BECKMAN COULTER ACCESS全自动微粒子化学发光免疫分析系统，7060Automatic Analyzer全自动生化分析仪，IBM7000 PCR荧光定量分析仪。
 
   新开展项目: HBV-DNA定量、HPV-DNA定量、HCV-RNA定量，肺炎支原体、衣原体、呼吸道合胞病毒检测，透明质酸酶/Ⅲ型前胶原/Ⅳ型胶原/血清层粘连蛋白四项联合检测、唐氏综合征筛查实验。
 
   南京医科大学第三附属医院检验科坚持以临床诊断的需要为发展方向；以符合临床实际为质量控制的基本标准；以提高临床检验水平为科研发展的主要目的，坚持学科的全面进步，建设同等级医院一流的临床诊断实验室。