保障分部现有员工34人，其中大专以上学历9人，中级职称以上人员3人，高级技术人员2人。下设物资供应组、仪器设备组、保管组、变电室、锅炉房、水暖组和司机组。物资供应组负责中心家具、实验材料的采购、验收、保管、发放、回收工作。仪器设备组负责中心仪器设备和办公用品配置标准的制定、采购、维修、报废和计量等日常工作，并负责探索公共卫生机构对大型仪器设备进行效益评估的有效机制。中心现有仪器设备总值近3000万元，其中代表理化先进水平的气质联用仪，代表微生物检验先进水平的微生物检测系统、凝胶成像等万元以上仪器设备280件。保管组的核心工作是负责容积为25m3低温冷库（-20℃）和容积为126m3普通冷库（2-8℃）的日常管理，且均已实现智能化，为确保天津市计划免疫工作的高效开展提供了硬件支持。变电室负责全中心变电任务，监测中心用电情况，保证设备及人身安全。锅炉房保证全中心冬季供暖任务。水暖组确保中心水源调配合理，保证中心水暖工作顺利进行。司机组现负责17辆公务车的日常运行，其中已达成购置协议的应急监测车将为天津市突发事件处理工作“实时”最大限度地做出科学、准确地判断提供平台支持。