我院的前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所（俗称“祖研”），现已发展成为我省规模最大的集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药机构，荣获“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。随着规模的发展和功能的不断健全，2013年我院正式更名为黑龙江省中医药科学院（黑龙江省中医医院）。2020年国家权威中医药学术机构首次评估《基于中医特色优势与科技影响力评价100所中医医院》我院排名17位，2021年4月发布的“全国三级公立中医医院绩效考核”我院排名全国13位，综合实力居于全国同行业前列。

我院现建筑面积13万平方米，3个院区，医疗床位1808张，设有内科（肺病、心病、肾病、肝胆脾胃病、内分泌、风湿病等）、外科、妇科、儿科、皮肤科、针灸科、推拿科、骨伤科、康复科、肛肠科、老年病科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、医疗美容科、精神科、肿瘤科、急诊科、体检中心、治未病中心、血液透析科、结石科等科室。拥有核磁共振、CT、三维超声、全自动生化分析仪、碎石机等现代化设备。拥有中医辨识评估类、针类、灸类、罐疗类、刮痧类、中药熏洗类、牵引、光疗、电疗、磁疗热疗等中医诊疗设备。人员1400多人，正、副高级职称专家373人，国家级、省级名中医37人。现有国家区域诊疗中心2个，国家临床重点专科4个，国家中医药重点学科和重点专科16个，国家中医药科研三级实验室5个，拥有省头雁团队，5个研究所、25个专病研究所和中医学、中西医结合、中药学3个硕士一级学科学位授予权与博士后科研工作站。建院以来共取得科研成果347项，获得部省级以上科技奖励115项，共研制出中药新产品47个，62种医院制剂和30种大健康系列产品投放市场。