湟源县中医院成立于1958年11月17日，由东街联合诊所、东莞联合诊所联合成立，1965年6月24日与湟源县人民医院合并，1984年12月24日恢复成立。2004年被评为二级甲等中医医院。多年来，既承担着湟源县的中医医疗任务，又履行着全县高考体检、各种健康体检和突发性公共卫生事件救治任务的职能。是西宁市城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险、湟源县新型农村合作医疗保险定点医院，是全县职业病健康体检定点医院。中医院实施“科技兴院”战略，着力打造中医特色专科。
2018年7月18日医院整体搬迁至县二中路16-2号，占地面积30亩，业务用房面积13186平方米，共有门诊医技楼（5层）、住院楼（地上6层，地下一层）各一栋。共设4个病区，开放床位120张，开设脾胃肺病科、心肾科糖尿病科、针灸理疗康复科、外科、妇科、肺病科、肝胆科、脾胃科、疮疡科、碎石科、老年病科、口腔科、痔瘘科、治未病中心等13个临床科室，检验科、放射科、CT室、B超室、心电科、胃镜室等6个医技科室。现有设备CT、DR、彩超、B超、电子胃镜、24h动态血压检测仪、动态心电监护仪、B超定位体外冲击波碎石机、高清腹腔镜、经颅多普勒（TCD）血流分析仪、肺功能诊断仪、中医综合诊断系统、牙科综合治疗仪、麻醉机、全自动电脑验光仪、耳鼻喉诊治综合仪、电脑熏蒸治疗仪、利普刀、颈腰椎矫正床、关节活动度训练设备、离子导入仪、电脑熏蒸治疗仪、恒温蜡疗仪、电动牵引床等。医院实行了计算机网络化管理。
现有职工155名（其中在编职工66人，院内聘用89人）。在编职工中，卫生专业技术人员62人，其中副高职称5人，中级职称23人，初级职称30人。