昌吉州中医医院建于1988年，建筑面积4.2万平米，是集治疗、预防保健、科研、教学、养生、治未病、康复及中医文化传播为一体的三级甲等中医医院，全国针灸临床研究中心新疆昌吉分中心，自治区院士专家工作站建站单位，中医微创水针刀筋骨针法临床教学基地、国家中医专业执业医师考试基地，国家中医住院医师（全科医生）规范化培训基地，新疆医科大学、石河子大学医学院、甘肃医学院等6所高等医学院校的实践教学基地，自治区工伤康复试点医院、昌吉州康复医学中心，医院年门诊量45万人次，出院病人2.5万人次。     
       医院编制床位550张，实际开放670张。设临床科室28个、医技科室12个、行政职能后勤科室17个。有国家中医药管理局重点专科建设项目2个（针灸科、康复科）、培育项目1个（眼科）、自治区级重点专科3个（骨伤科、消渴病科、心病科），培育科室3个（妇科、肺病科、脾胃病科），院内重点专科1个（疼痛科），国家中医重点专科协作组成员单位（护理学）。全国名老中医药专家传承工作室2个，第五批全国名老中医药专家学术经验继承工作指导老师2名，第三批全国优秀中医临床人才2名，全国中药特色技术传承人才1名，自治州高层次工作室2个，州级拔尖人才1名。
      医院是全国针灸临床研究中心新疆昌吉分中心，自治区院士专家工作站建站单位、中医微创水针刀筋骨针法临床教学基地、中国胸痛中心、中国心衰中心建设单位、院内卒中中心建设。在心血管介入、人工关节置换、老年骨性关节病阶梯治疗、脊椎微创手术、胸腹腔镜微创治疗等方面诊疗技术水平在州域内处于领先地位。