新疆维吾尔自治区胸科医院始建于1958年，前身是新疆维吾尔自治区结核病防治研究所、新疆维吾尔自治区结核病防治研究院、新疆维吾尔自治区结核病医院、新疆维吾尔自治区肺科医院，后更名为新疆维吾尔自治区胸科医院，隶属于新疆维吾尔自治区卫生健康委员会，是新疆唯一一所以治疗胸部疾病为主的集医疗、预防、科研、教学为一体的三级甲等专科医院。承担全疆各地重症、耐药、难治性结核病的诊疗以及对全疆各地州结核病定点医院规范化诊疗的培训、督导工作。

医院现有在职职工607人，由汉族、维吾尔族、回族、哈萨克族等10个民族构成，专业技术人员587人（其中正高级专业技术人员28人，副高级专业技术人员48人，医疗专业技术人员占全院总职工的78%）。编制床位700张，实际开放527张。设17个临床学科、6个医技科室、18个职能科室。
经过50余年的发展，医院以立足强化专科为优势，坚持发展综合科目为支撑，加大多发病、常见病的诊治力度，使医院具有特色的专科治疗技术得到全面提高。

医院专科特色为各类结核病的诊断及治疗，特别是耐药结核病、各类肺外结核病(结核性脑膜炎、结核性胸膜炎、骨与关节结核等)、肺结核合并症（结核病合并糖尿病、结核病合并肝损害、结核病/艾滋病双重感染等）的诊疗已形成地区品牌和特色。医院支气管镜年检查人数居新疆首位，平均年检查人数达5000余例。结核病实验室是国家结核病参比实验室之一，检验科为自治区重点专科。医院开展的耐药结核病诊疗、结核病实验室快速诊断、支气管镜诊疗、放射介入诊疗、胸外科微创手术技术等诊疗技术均处于全疆领先水平。 
医院以“人有特长、科有特点、院有特色”为兴院方针，坚持科技兴院、人才强院、严谨求实、开拓创新，内强素质，外树形象，紧跟时代发展步伐，努力满足人民群众需求。坚持以结核病诊疗为中心，延伸胸外科（肿瘤、微创手术等）；支气管镜、心脏介入；呼吸科（慢性支气管炎、哮喘、肺间质疾病、支气管扩张等），力争在专科方面做大做强。 

近年来医院充分发挥了在全疆结核病诊治领域的龙头地位，不断完善结核病归口管理及治疗，对新疆维吾尔自治区结核病防治工作起到重要支撑作用。认真履行医院作为新疆维吾尔自治区结核病防治临床中心、新疆维吾尔自治区结核病临床质量控制中心、新疆维吾尔自治区结核病临床实验室诊断中心、新疆维吾尔自治区远程医学中心结核病远程医疗中心和中国耐药结核病防治示范基地、新疆医科大学公共卫生学院实习基地的职责。

医院将继续加强学科建设，及信息化建设，组建三级网络体系，促进我院与国家、新疆各地州、县的互联，全面提升业务能力；加强医院文化交流建设，采取“请进来 走出去”的发展理念，广泛辐射业务范围；加强医院内涵建设，建立科学化管理体系，全面建设成为一所技术精湛、以治疗胸部疾病为主的，全心全意为患者服务的国际化三级甲等专科医院。