乌恰县医院最早于1950年2月设立门诊室，先后改为卫生所、卫生院，1958年正式更名为乌恰县人民医院。目前是一所综合性的二级医疗机构，承担着全县各族人民的医疗、预防、保健及各乡镇卫生人员的培训，巡回医疗等任务。

2008年以前，医院业务用房仅5000余平方米，床位100张，医护人员不足100人，只有基本的医疗设施和设备。2008年以来，乌恰县不断加大投入，先后建设了儿妇楼、综合医技楼、食堂、供应室、康复中心、污水处理系统等，从疆内、疆外招聘120名全日制各类医学院毕业生，引进了先进的飞利浦16排螺旋CT、数字化DR，江苏常州捐赠460万元购买了腹腔镜、膀胱镜+前列腺等离子电切镜、肺功能仪一套、血凝仪一台、五分类血液分析仪、多功能呼吸机、新生儿监护仪、新生儿呼吸机等一系列先进的设备。同时，实行药品零差率，大大改善了医院的医疗环境和服务质量，减轻了病员负担，使就诊环境更加舒适、温馨。

医院始终秉承“以病人为中心，以质量为核心”的办院宗旨，在老院长吴登云的倾心培养下，培养出了一批业务精、专业技术过硬的医护人员队伍，他们在各自的工作岗位上充分发挥了学科带头人的作用，逐步形成了人才梯队，采取“请进来、送出去”的学习方式，培养和造就了一批学科带头人。2010年以来，常州援助乌恰专家11名，他们以“一人援疆、全家援疆”的情怀，将自己融入第二故乡，积极履行社会职责和义务，以精湛的技术和优质的服务，热忱地为广大患者提供了更好的医疗服务，不断推动了乌恰县人民医院医疗人才的培养。

目前，乌恰县人民医院占地面积达42300平方米,医疗用房面积达26000平方米。医院编制床位150张，现有在编医护人员210人，自聘人员53名，其中正高职称3人、副高职称8人、中级职称29人。设有内科、外科、妇产科、儿科、传染科、五官科、急诊科、重症医学科、手麻科等9个临床科室，检验科、超声科、放射科、药剂科、胃镜室、病理科等6个医技科室。2013年预计门诊接诊6万余人次、住院病人7000余人次、开展手术800余例、收入1800万元。