南平市妇幼保健院主要开展妇幼保健系统管理、婚前医学检查、孕前保健、优生优育检测、围产保健、高危孕产妇筛查评估诊治、产前筛查及诊断、妇科病筛查诊治、盆底康复治疗、儿童生长发育检测评估、体弱儿筛查及诊治、妇女儿童心理评估及治疗、新生儿遗传代谢病筛查诊断、地中海贫血、HPV病毒、耳聋基因检测、新生儿救护、住院分娩、妇产科手术、计划生育服务、妇女儿童常见病治疗、宫颈癌、乳腺癌筛查治疗、不孕症诊治、儿童心理保健和智商测定、眼保健及弱斜视治疗、微量元素测定、骨龄测定预测身高、听力筛查、婴儿游泳婴儿抚触、妇女最佳受孕期测定及妇女儿童营养性疾病筛查诊治、营养评价，产前筛查诊断、牙种植整形治疗等项目。同时承担南平十个县市（区）妇幼群体保健和妇幼公共卫生项目指导工作。
医院内设妇女保健科、儿童保健科、妇产科、新生儿科、儿科、眼保健科、耳鼻喉科、口腔科、检验科、产前筛查和诊断中心、新生儿疾病筛查中心、超声科、放射科、计划生育助孕专科38个业务科室。
