清光绪三十一年（1905年），美国传教士蒲鲁士夫妇等人在紫璜山租用民房开设医疗诊所，后改成兴仁医院，李可桢任董事长，李可信为院长，由此开启了莆田涵江医院的百年历史篇章。在医院的创办初期，由于国家动乱，资金的匮乏，医院几经波折，甚至停办，医疗业务也以接生、诊治妇科病为主。

民国期间，随着地方商业人士及爱国华侨纷纷为医院捐款捐物，医院拥有了一批先进的检验仪器及检查设备，同时，先后聘请内、外、妇科名医带动医疗团队，吸引了福清、惠安等地的患者纷纷就医，医院管理和医疗业务逐渐走上较为正规的轨道。

中华人民共和国成立后，医院结束了近半个世纪的徘徊缓慢发展的历史，迈开快速前进的步伐。1952年9月，莆田县人民政府接办医院，正式改名为莆田涵江医院，从私立性质改制为公立医院。1984年涵江区成立后，医院从隶属莆田县到划归涵江区领导和管理。1995年，获得“爱婴医院”称号。1998年8月，涵江医院被国家卫生部正式授予二级甲等医院称号。2003年，医院分别与白沙、庄边等山区卫生院建立协作关系。随着医院不断的培养和引进人才，及国家医保等一系列惠民政策的实施和大力推广，2010年医院收入突破亿元大关。2011年，涵江医院确立为莆田市县级医院综合改革试点单位，且规模为1000张床位的新院区建设项目成为区级重点建设项目。

2015年，作为福建省首家政府与社会资本合作的公立医院综合改革试点，由莆田市涵江区人民政府引入央企“国药”旗下国药控股医疗投资管理有限公司（简称“国控医疗”），进行混合所有制改革。由国控医疗负责医院经营，同时保留非营利性和公益性，并启动新院区建设。

2020年8月1日，涵江医院正式启动搬迁；8月4日，新院『福建国药东南医院』正式启用。福建国药东南医院是国控医疗与涵江区人民政府合资，按照现代化三级甲等综合医院标准建设的非营利性医院，同时也是全国联网医保定点医院。福建国药东南医院总投资12.95亿元，占地8.7万㎡（约合131亩），总建筑面积17.39万㎡，开放床位1000张,，一期设置停车位531个。

整体搬迁后，我院医疗服务能力全面提升，就医环境极大改善，为市民提供更加优质、高效、舒适、温馨的服务。同时，新院还将继续大力引进优秀人才和要素资源，影响带动区域医疗健康服务的整体水平，满足并超越周边居民及华侨对健康医疗服务的需求，逐步发展成为以无痛、微创、快速康复为特色的莆田东部区域医疗中心。