为了建设一所技术优良、设备与专业齐全、管理服务优良的现代化眼科专科医院，办成福州医疗体制改革的成功范例，为福州医疗体制改革提供借鉴，满足福州及周边地区人民群众多层、多元化的眼科医疗服务需求。2011年5月在省市领导的关怀下，根据国家医疗卫生体制改革精神，福州眼科医院经福州市卫计委批准同意设置成立。医院为福州市医疗改革试点单位，也是政府解决“看病难”、“看病贵”问题的具体举措。

福州眼科医院由厦门大学附属厦门眼科中心与福州市第二医院于2011年联合创办，是一所集医疗、教学、科研、防盲为一体的三级眼科专科医院，开设有眼底病、眼外伤、眼表及角膜病、白内障、青光眼、屈光眼肌、眼眶病、斜弱视、眼视光等专科，以及临床医技检查、检验等临床辅助科室。开展全飞秒激光近视手术、圆锥角膜交联术、23G/25G/27G玻璃体视网膜手术、折叠人工玻璃体球囊植入术、飞蚊症激光及27G玻璃体手术、显微镜下斜视微创手术、飞秒激光辅助超声乳化手术、散光矫正型人工晶体植入术、三焦点、无级变焦及区域折射等多焦点人工晶体植入术、有晶体眼人工晶体(ICL)植入术、1.8mm小切口白内障超声乳化术、CLASS手术、眼部肿瘤摘除术、新材料眼眶骨折复位手术等手术。

工欲善其事，必先利其器。福州眼科医院购置了一系列现代化眼科诊疗设备，如拥有德国蔡司VisuMax3.0全飞秒& MEL90准分子激光联机手术平台、三维眼前节分析仪Pentacam、角膜地形图/Zeiss/Atlas 9000(Mel90联机);美国爱尔康centurion白内障超乳机、美国博士伦VICTUS飞秒激光白内障手术系统、Verion手术导航系统、美国爱尔康infinitiozil超乳机、进口手术显微镜、Alocn玻切超乳一体机、美国Synerhetics吊顶灯、骨动力系统;眼前节照相系统、COS干眼分析仪、OPD角膜屈光分析仪、AB超及角膜测厚仪、OA2000光学生物测量仪、KOWA FM-600激光前房闪辉仪、超声生物显微镜UBM、电生理、视野计、德国OCT-4光学相关断层扫描仪，TOPCON血流OCT、Optos欧堡广角激光眼底扫描仪、海德堡眼底荧光造影、YAG激光仪、YAG激光飞蚊症治疗仪;医院的医疗设备等硬件水平已达到省内较高水平。