鄂尔多斯市蒙医医院始建于1979年，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。医院设为一院两部，分别设在康巴什和东胜。总建筑面积51700平方米，在岗职工415人，其中卫生技术人员343人，占全院职工的83%。其中正高36人，副高40人，中级82人，初级261。设置床位480张。医院设有27个临床科室、9个医技科室，并有独立的蒙药实验室和蒙药制剂中心。拥有64排螺旋CT、全自动生化免疫一体机等先进诊疗设备，能够满足广大患者的就医需求。有国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区重点专科4个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科）。在临床治疗方面，鄂尔多斯市蒙医医院以蒙医治疗为基础，采用能蒙不西、先蒙后西、蒙西医结合的方式，并配合蒙医传统疗术治疗各类慢性病及疑难杂症。

建院以来，科研工作取得了丰硕的成果，实施的科研项目有40多项。在蒙药剂型上进行了一系列的改革，现已研制出颗粒剂、片剂、硬胶囊、浸膏剂、丸剂（水丸、蜜丸）、合剂、洗剂等10多种剂型，231个品种。研发的“蒙药让阿嘎日-8片剂”新药取得了重大成果，2016年被自治区列为重大科研项目，研发团队也被鄂尔多斯市授予创新团队。

医院为全国“最具惠民医院”、“中国优秀医院”、自治区首批“蒙医中医名院”、自治区“模范医院”、自治区“平安医院示范单位”、全区“民族团结进步模范集体”、全市“蒙医院民心医院”、市级“蒙中医文化建设先进单位”、全市“蒙中医工作先进集体”。2009年4月获“中国民族卫生医药发展贡献奖”、2013年获市级“科学技术进步一等奖”、2018年4月蒙医体质辨识获自治区“第六批非物质文化遗产”等荣誉。

医院坚持以“敬畏天地 顺应自然 守护健康 缔造幸福”为办院宗旨，秉承“厚德   精术   传承   创新”的院训，以“铸煌蒙医药学，建综合实力一流的蒙医医院”为愿景，坚持以“管理科学技术精湛服务优质以人为本”的办院理念，全面协调可持续发展，突出蒙医特色。不断解放思想、深化改革，通过重点打造特色专科，逐渐向医养结合的发展模式转变。在传承和发扬传统蒙医药文化的同时，实现蒙西医并重的发展路径，提高医院综合救治能力，从而满足了群众多元化的健康医疗需求。