民航上海医院座落于虹桥开发区与古北新区之间，1972年根据国务院、中央军委批准建立，经过民航总局立项，筹备、选址、建造。民航上海医院于1984年1月正式开院，经过近四十年的建设和发展，医院的规模和设施都有较大提升和完善。

2013年5月与上海交通大学附属瑞金医院签署协议，组建成立瑞金医院古北分院，瑞金医院派出神经内科、心内科、消化内科、普外科、骨科、放射科等6六大专科的科主任或副主任兼任分院主任，专家团队力量还辐射到内分泌科、呼吸科、泌尿科等多发病常见病领域。

医院目前在职职工320余人，核定床位数300张。医院设有普内科、消化内科、心血管内科、神经内科、普外科、骨科、泌尿外科、妇科、中医内科、口腔科、针灸推拿科、耳鼻咽喉科、眼科、中医特需、康复医学科、影像诊断科、麻醉科等临床专科。同时，设有药剂科、放射科、超声诊断科、病理科等医技科室。

医院目前拥有先进的医疗设备，包括1.5T磁共振、64排CT、CT立体定位辅助设备、DSA、DR、数字胃肠机、高档彩色超声仪、电子胃肠镜、一体化手术室、高清腹腔镜系统、外科手术能量平台、超声刀、全自动生化分析仪治疗仪器等。