温州市红旗医院成立于上世纪五十年代，原址位于鹿城区百里西路，因旧城改建现已迁至温州大道站前商厦东楼。医院门诊大楼共有7层，面积近万平方米，核定床位150张，现有医护人员120人，其中副高级职称以上占25%。
上世纪70年代温州市红旗医院被温州市人民政府列为收治肝炎病人的传染病收治定点医院。肝病科得到重点发展形成了“看肝病到红旗”的良好口碑，名扬整个浙南地区。受地址搬迁影响医院曾经歇业一年多致使一些技术人才流失，2004年医院引进现代管理模式，从全国各地招聘了一批学科带头人。医院现在技术力量雄厚，设施配套齐全，目前已成为一家集医疗预防、保健康复、计划生育技术服务为一体的政府办非营利性二级综合医院。开设有肝病科、泌尿外科、妇科产科、胃肠科、肛肠科六大重点专科在内的20余个专业学科。
