北京中医药大学东直门医院通州院区（原北京市通州区中医医院），始建于1982年，2010年6月迁入新址。2011年8月6日，通州区人民政府与北京中医药大学东直门医院签约，医院正式挂牌成为北京中医药大学东直门医院东区，2012年5月及12月分别通过国家中医药管理局三甲等级医院评审及复核，成为通州区第一家三级甲等医院。2018年12月1日，北京中医药大学东直门医院与北京中医药大学东直门医院东区全面启动“两院合一、主体东迁”战略，更名为东直门医院通州院区，实行统一管理。

通州院区占地102亩，总建筑面积达18万平米。医院设有1200张病床；现职工总数992人，其中医疗技术人员849人，高级技术职称75人，博士生19名、硕士生145名。

医院配套齐全，有设施齐备、舒适明亮的病房，现开放17个病区，设有8个医技科室；28个门诊科室；19个专科专病门诊，拥有“王珂老中医传承工作室”、“郭维琴名医传承工作室”等。

医院重视品牌建设，医院发展日趋壮大，拥有国家重点专科3个(脑病科、肺病科、心病科)，北京市重点专科2个（骨伤科、内分泌科）；区级重点专科6个(内分泌科、针灸推拿科、康复科、肛肠科、骨伤科、脾胃病科）；首都区域专科3个（脑病科、心病科、肺病科）；国家中医药管理局农村医疗机构针灸理疗康复特色专科建设项目单位1个（针灸推拿科）,首都区域特色重点专科1个（康复科），区级中医重点专科5个（肛肠科、外科、康复科、急诊科、眼科）。

具有磁共振装置（MRI）、64排宝石能谱CT、钼靶乳腺摄影机、高端心脏彩色B超、各种电子内窥镜、全自动生化分析仪、全自动血气分析仪、先进的重症监护仪及腹腔镜等先进水平的诊疗设备多台。目前医院已开通急性心肌梗死绿色通道、急性脑卒中绿色通道、急腹症绿色通道。

医院始终秉承“患者至上，服务第一”的办院宗旨，坚持“特色立院、人才强院、科技兴院、文化塑院”的发展战略和破解难题、和谐发展、突出特色、创建一流的发展理念，追求卓越，至于首善。是一所集医疗、教学、科研、保健、国际化合作为一体的承载北京城市副中心医疗任务的大型综合性三级甲等中医医院。