输尿管肿瘤的病因尚未完全明了，与肾盂及膀胱肿瘤相似，吸烟，饮用咖啡，滥用镇痛药，某些特殊职业，慢性炎症，积水，结石，使用环磷酰胺化疗，遗传等多种因素与输尿管肿瘤的发生，发展有关，有研究发现吸烟者发生输尿管肿瘤的风险比肾盂肿瘤和膀胱肿瘤都高，且吸烟量与发生肿瘤的风险存在剂量效应关系;而大量饮用咖啡也会增加发生输尿管肿瘤的可能;长期服用镇痛药如非那西汀则会使输尿管肿瘤的发生率增加许多;那些从事化学，石油化学，塑料工业，长期接触煤，沥青，可卡因，焦油的人患有输尿管肿瘤的可能性大为增加;慢性细菌性感染，尿道结石，梗阻易于产生鳞状上皮癌，发生腺癌的可能性则要少得多;环磷酰胺作为化疗药物也被认为不只是会增加发生膀胱肿瘤的可能性，发生输尿管肿瘤的可能性也会增加。
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