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　   生殖器疱疹约85%～90%由2型单纯疱疹病毒（HSV-2）引起，10%～15%由1型单纯疱疹病毒（HSV-1）引起。
       HSV是一种DNA病毒，核心为线状双链DNA，分子量为160×10Da，其外为一立体对称20面体的蛋白质衣壳，由162个壳粒所组成。衣壳外是脂质被膜。HSV基因组编码病毒特异的核心蛋白及结构蛋白，包括存在于病毒表面的糖蛋白，它们能诱导机体产生中和抗体。两型HSV相关糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特异性抗原决定簇外，其它结构基本相似，所产生的抗体在型间有交叉反应性。HSV基因组还编码非结构蛋白，如胸苷激酶（TK）、DNK聚合酶等，它们对病毒的复制是很重要的。由于这些病毒酶不同于细胞酶，一些能选择性抑制病毒酶的抗病毒药物如阿昔洛韦，就是据此而研制出来的。
原发性生殖器疱疹都是通过与疱疹病毒感染者通过性交直接接触感染，HSV经过皮肤黏膜轻微的擦伤或裂口侵入上皮细胞，并在其中复制、繁殖，引起细胞的气球变性及坏死，炎性细胞的浸润等炎症反应，并刺激机体的免疫反应。侵入机体的病毒沿外周感觉神经向上进入脊髓背根的感觉或运动神经节，建立潜伏感染，潜伏感染是生殖器疱疹复发的根源。潜伏病毒的激活与病毒的胸苷激酶等和机体的免疫与非免疫因素有关。潜伏的病毒受激活后，沿周围神经轴索下行至皮肤和黏膜，引起复发