在临床上急性病毒性肝炎、慢性活动性肝炎、肝纤维化肝小叶增生时，病人血清AFP含量升高，可能与肝脏再生有关
原发性肝癌时，AFP的合成部位是肝癌细胞，是在肝癌细胞粗面内质网的核糖体上合成的。但是不是所有的肝癌细胞AFP均成阳性，可解释为，①AFP只在细胞增殖同期的一定时期合成，不处于该时期的肝癌细胞不合成AFP，所以细胞AFP为阴性;②存在合成与不合成AFP两种癌细胞，但是这两种癌细胞在形态学上目前尚看不出明显差异。
胚胎癌AFP的合成：胚胎癌如睾丸、卵巢、骶尾部及后腹膜恶性畸胎瘤等，患者血清中AFP含量升高。原因是这些胚胎癌中含有卵黄囊成分，而卵黄囊可以合成AFP。
其他肿瘤中AFP的合成，胃癌、食管癌、胰腺癌、胆囊癌、肺癌、乳腺癌也可产生AFP。其中以胃癌最为常见，尤其是伴有肝转移者。
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