诊断依据主要是结合临床及组织病理检查：
1、上呼吸道或下呼吸道出现坏死性肉芽肿。
2、肺、皮肤有原发性局灶型坏死性血管炎。
3、灶性坏死性肾小管肾炎。
为了能早期诊断，应对下列情况注意检查，必要时反复进行病理组织检查：
1、慢性鼻炎及/或鼻窦炎者伴有粘膜糜烂或肉芽组织增生。
2、眼、口腔粘膜溃疡、坏死或肉芽肿。
3、肺部有可变性结节状阴影或空洞。
4、皮肤有紫癜、结节浸润性斑块，坏死、溃疡等。
1990年美国风湿病协会提出的标准可供参考：①鼻或口炎(痛或无痛性口腔溃疡、血性鼻分泌物)。②胸片示结节、固定性肺浸润或空洞形成。③尿液镜下血尿(红细胞>5/高倍视野)或红细胞管型。④组织活栓示动脉壁或动脉及小动脉周围及组织有肉芽肿炎症改变。符合上述2项或2项以上标准，可诊断为韦格内肉芽肿，敏感性为88.2%，特异性为92%。
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