主要与霍乱、急性菌痢、沙门菌属感染等鉴别，均依赖于病原学检查。
霍乱：生活在霍乱流行区、或5d内到过霍乱流行区、或发病前5天内有饮用生水或进食海（水）产品或其他不洁食物和饮料史。与霍乱患者或带菌者有密切接触史或共同暴露史。
急性细菌性痢疾：痢疾杆菌侵袭肠黏膜，引起肠黏膜炎症及溃疡，并由此排出炎性渗出物，临床上常见有发热，大便为黏液、脓血便，量少，有腹痛及里急后重。大便镜检有大量的脓细胞。也有以水泻为主、里急后重不明显的不典型患者。大便培养痢疾杆菌阳性。
寒沙门氏菌感染：侵犯各年龄组，6个月以内婴儿易罹患，新生儿发病尤为严重，多发生于5～8月份，可有发热、腹泻或败血症，腹泻每日2～20次，大便为稀水便，亦可有脓血便，常引起不同程度脱水，大便培养可获得鼠伤寒沙门氏菌。
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