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(一)其他肾小球肾炎所表现的急性肾炎综合征无论是原发或继发肾小球肾炎，在上呼吸道感染后都可诱发其活动性，出现急性肾炎综合征的症状，应与链球菌感染后的肾小球肾炎鉴别。非链球菌感染后的肾小球肾炎包括感染后心内膜炎、分流性肾炎、败血症、肺炎球菌性肺炎、伤寒、二期梅毒、脑膜炎球菌血症，病毒和寄生虫感染后肾小球肾炎。继发性者包括多系统疾病：系统性红斑狼疮、血管炎、过敏性紫癜等。可呈现急性肾炎综合征特征的非肾小球疾病主要包括血栓性血小板减少性紫癜、溶血性尿毒综合征、动脉硬化栓塞性肾病和急性过敏性间质性肾炎。继发性者常有其他系统症状，有疑难时可做肾活组织检查，可能对诊断有帮助。
(二)少数链球菌感染后肾小球肾炎 表现为肾病综合征，应与其他肾病综合征鉴别。
(三)急进性肾小球肾炎 急进性肾小球肾炎起病常和急性肾小球肾炎相似，然而治疗及预后均不同，故对症状严重、病情急剧恶化者要高度警惕，需要时做肾活检以明确诊断。
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